《超神HD》是一部穿越时空的战斗，在常磐庄吾与桐生战兔的世界里发生了异变，就像被替换成别人一般、同伴们的记忆一个接一个地失去了。接着在他们面前，Super Time Jaker·Tid现身了，在守护少年幸吾的战斗中，庄吾遇见了一位喜欢假面骑士的青年·充（Ataru）。  另一方，独自挑战Tid的战兔，被其洗脑操纵了。而想在强大的敌人面前救出幸吾的庄吾，却被充所告知：“假面骑士，在现实中是不存在的。”那句话的真意到底是什么？究竟是从什么时候开始假面骑士变成了虚构的存在？在谜团逐渐加深的时候，庄吾与战兔追踪着Tid的身影，来到了初代平成骑士的诞生地·九郎岳遗迹。